Историците приемат, че Кресненско-разложкото въстание е най-високият връх в съпротивата на македонските българи срещу Берлинския конгрес, който на практика унищожава Сан Стефанска България. За борбата на българите в Македония, която остава извън границите ни след Берлинския конгрес от 1878 разказва Весела Смилец.
Въстание, продължило повече от половин година. С чети, които действат освен в Креснеското дефиле и в Неврокопско, Демирхисарско, Серско, Малешевско. По десния бряг на Струма комитите са в акция до февруари 1879 година. Началото е в Рилския манастир, срещата там официално е за празника Малка Богородица.
д-р Георги Георгиев, Институт за исторически изследвания при БАН
"На 6 септември 1878 г. митрополит Натанаил Охридски, Димитър Попгеоргиев Беровски, Дядо Ильо Малешевски и неговият син Никола. На Димитър Беровски е разрешено да събира хора под претекста, че му трябва за охрана на границата, а всъщност това означава съсредоточаване концентрацията на въстаниците във връзка с бъдещи въстанически действия.
Официално Русия се разграничава от въстанието, средното и ниско ниво в администрацията на временното руско управление в България обаче подпомага бунта.
д-р Георги Георгиев, Институт за исторически изследвания при БАН
"Останалите Велики сили разбира се са против. Начело е Великобритания, но най-засегнатата е Австро-Унгария, която дори успява да внедри по това време и свои разузнавачи до най-високите върхове на въстанието. Например такъв е Валтер Шулц - австрийски кореспондент, който попада дори и в ръководните органи на въстанието в Кресненско.
Един спор за тактиката на въстанието се сочи от историците за основна пукнатина в организацията. От София пристига Никола Обретенов, той настоява в Македония да се създадат тайни революционни комитети по примера на Левски и практиката от Априлското въстание. Натанаил Охридски и Димитър Попгеоргиев остават привърженици на почерка на четите.
д-р Георги Георгиев, Институт за исторически изследвания при БАН
"Малко известен факт е и донякъде символичен за края на въстанието е, че на 23 май 1879 г. на път за Горна Джумая митрополит Натанаил Охридски получава апоплектичен удар в близкото село Гораново в долината на Струма. Така и не стига Горна Джумая. Занасят го в Бобошево - близкото село, оттам в Дупница и по стария път в Кюстендил, където остава на легло 2 месеца.
Още по-малко известен факт е споделеното от неговия племенник, че поради трудния планински терен и лошите пътища Натанаил е занесен от Гораново в Бобошево върху пушките на четниците, които го придружават.
В края на май 1879 митрополитът разпуска четите, въстанието е прекратено. Година по-рано дни след Берлинския конгрес Натанаил пише до руския общественик и привърженик на българската национална кауза Иван Аксаков:
Конгресът от Берлин даде на част от половината българи Българското княжество, на друга част турска автономия и на трета част сръбска и румънска независимост. Къде е другата половина? Къде са българите от Македония, тези страдалци от старозаветна България.