В първия ден на 1899 година, с указ на княз Фердинанд, Дунавската и морската флотилии се сливат под общо управление и военноморският флот става неизменна част от българската армия.
Повече от столетие щабът е ядрото, най-важният орган, в който се изгражда морската стратегия на страната и структурата на военноморските ни сили.
Мариана Кръстева, директор на Военноморския музей - Варна: Най-много помага и е близо до командира на флота, до началника тогава се наричало и заедно решават всички най-важни въпроси.
Морският устав на българския флот е създаден през 1907 година, като са използвани модели на едни от най-развитите тогава морски държави - Русия и Франция.
Мариана Кръстева, директор на Военноморския музей - Варна: Нашите морски офицери, които са получавали подготовка в най-добрите училища в Европа, също дават своят принос със сериозни теоретични разработки.
Първият началник на Щаба на Военноморските сили е капитан първи ранг Васил Хитров.
Мариана Кръстева, директор на Военноморския музей - Варна: Като изявени имена можем да срещнем капитан Станчо Димитриев, в навечерието на Балканската война се изявява Богдан Ганчев. По време на Първата световна война са Димитър Ральов и героят Георги Купов.
Едни от най-тежките години за флота са след Първата световна война. Тогава флотът е ликвидиран и превърнат в Морска и речна полицейска служба.
Мариана Кръстева, директор на Военноморския музей - Варна: Тогава се налага щабът на флота да действа нелегално, като една ли не неофициална структура. Дори се мести в София, далече от морето е тогава.
Ядрото на военноморския ни флот обаче отново се връща край морето през 1933 година, в красивата сграда на търговско -индустриалната камара. Зданието днес е един от символите на Варна.