След влизането в сила на Договора от Лисабон Чехия ще загуби държавната си независимост и единствената възможност за възвръщане на суверенитета й е излизането на страната от Европейския съюз. Това заявиха чешките управници, но подчертаха, че това е краен сценарий в политиката на възстановяване на държавната независимост.
Чехия е единствената държава от 27-членния Европейски съюз, която все още не е ратифицирала Лисабонския договор. След подписването му от президента Вацлав Клаус страната получи исканата от нея отстъпка - за нея да не важи Европейската харта за основните права. Канцлерът Ангела Меркел заяви, че с влизането в сила на договора Европейският съюз ще стане по-демократичен и по-силен. Ратификацията от страна на Чехия на Лисабонския договор сложи край на един продължил прекалено дълго период на фокусиране на вниманието на ЕС върху неговите институционални проблеми.